En el segundo piso del museo se encuentra una acogedora sala de lectura, con lamparitas y estantes llenos de libros. Dos colecciones completas, disponibles e imperdibles son las publicaciones de Monsiváis y del caricaturista Eduardo del Río, Rius.
Con vista a Isabel la Católica y a los edificios de piedra que guarda el centro de la ciudad, la terraza del museo es un sitio ideal para tener una larga charla o enamorarse de un libro. Hay mesitas, cafetería y librería. En las Noches de Museos hay conciertos y presentaciones especiales.
A unos pasos del Estanquillo, sobre Isabel la Católica, en el número 30, se encuentra el Palacio Downtown. Es un complejo que sirve de hotel, restaurante, bar, terraza, cafetería, galería y tienda de artesanías. Un edificio colonial que ha sido acondicionado para disfrutar el Centro Histórico.
A contra esquina del museo, en Isabel la Católica y Madero, se encuentra la iglesia barroca conocida como La Profesa. Este recinto de seis altares también es una pinacoteca; exhibe una colección de pinturas de artistas novohispanos. Hay visitas guiadas de lunes a domingo de 10 a 18 horas.
