El primero de enero de 1994, el alzamiento del EZLN no toma por sorpresa al Ejército Popular Revolucionario (EPR), ya que desde años anteriores los zapatistas eran conocidos por su base en Chiapas. Proletario, el periódico clandestino del grupo en ese entonces, se repartía en comunidades indígenas, y según los fundadores eperristas, fueron unos militantes de la organización los que derribaron la estatua de Diego de Mazariegos, conocido como el gran acto público que precedió el alzamiento armado de los zapatistas.
Como dictaba la línea original eperrista, el grupo hizo algunas acciones armadas en apoyo a los zapatistas, con el fin de detener la ofensiva militar del Ejército mexicano, pero en los meses siguientes el subcomandante Marcos se desmarcó de ellos. Cuando los zapatistas convocaron a una Convención Nacional Democrática, algunos eperristas que llegaron a Chiapas no fueron bienvenidos. Se les acusó de lucrar con el nombre del EZLN.
“¡Oh, paradoja! Nuestra solidaridad no fue bien recibida –explica el EPR en un comunicado-, tampoco nos quisieron, nos regañaron y, como perritos pateados para no provocar un mayor ensoberbecimiento en su actitud, no continuamos porque como siempre, a veces nos hemos pasado de… bondadosos”.
Al año siguiente, aceleraron el proceso de organización en Guerrero, luego de que la policía estatal ejecuta el 28 de junio de 1995 a 17 campesinos de la Organización Campesina de la Sierra del Sur (OCSS), quienes no eran militantes pero simpatizaban con la causa eperrista.
Poco tiempo después es cuando el grupo cambia de nombre: de Partido Revolucionario Obrero Clandestino Unión del Pueblo-Partido de los Pobres (PROCUP-PDLP), para convertirse en el Ejército Popular Revolucionario (EPR), nombre que mantiene a la fecha.
En ese entonces se libra una discusión interna de la organización. Algunos consideran que era la oportunidad de intentar borrar la historia del grupo porque era una historia “negra” y con eso podrían estar en la cresta de la ola, en los medios, con los intelectuales, analistas y académicos; otros argumentan que habían quedado en la orfandad supuestamente teórica, desde la caída del muro de Berlín y de la ex-URSS, y decían que no debía mencionarse la palabra socialismo.
Lo que sí acordaron fue el cambio de nombre, con el objetivo de “engañar al enemigo y para que el pueblo creyera realmente lo que estábamos planteando”. De acuerdo con los fundadores eperristas, se inventó que el EPR era la alianza de 14 organizaciones, cuando en realidad eran las estructuras del PROCUP-PDLP. El 28 de junio de 1996, un año después de la masacre de Aguas Blancas, se hace la presentación pública del EPR. Unos meses luego, el 28 de agosto de 1996, el EPR lanza una ofensiva en Oaxaca y Guerrero, la cual fracasa.
Para justificar esta derrota que provoca detenciones y represión en regiones donde tenían base social, los fundadores eperristas dicen: “En el transcurso del desarrollo de los planes partidistas se empieza a descubrir que algunos responsables de los estados mentían porque –dentro de su lógica– según la cantidad de supuestos cuadros que tenían eran sus necesidades y las teníamos que satisfacer, se descubrió que algunos de estos, estaban satisfaciendo sus necesidades personales y que no vivían de una manera austera o como algunos otros compañeros que casi vivían miserablemente, sino que su vida la satisfacían con la francachela, amén de otras situaciones de corrupción, eso va agudizando la crisis porque para esconder todo esto se amparaban en una supuesta posición política, por la facilidad que había dado el partido de ampliar el comité central, pero la mayoría de los integrantes no respondía a tener la capacidad ni la disposición de serlo, creyendo que al serlo iban a tener prebendas y desahogos económicos, pero al estar dentro del CC, ven el trabajo, el esfuerzo, la discusión y la disposición de trabajo y se amparan en una supuesta intención de horizontalidad para poder hacer sin consultar a nadie situaciones que se podían hacer, siempre y cuando participara la seguridad del partido (su inteligencia) y va haciendo cada quien lo que le satisface personalmente, violando principios hasta llegar a “ajusticiar” a personas que creyeron eran policías”.
Es en ese contexto que el expresidente Ernesto Zedilo llama de manera abierta al EPR, el grupo insurgente más antiguo de América Latina, como la guerrilla mala.